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Debido a la manera de la cual funciona, el Omnitrix llega a ser difícil de quitar unido una vez. Las cantidades grandes de energía se trabajan asombrosamente, aunque no constantemente. Para poder retirarlo es necesario amputar el brazo, o con máquinas especiales.

Cuando es utilizado normalmente, el Omnitrix permite solamente que el portador ocupe una forma específica para una cantidad de tiempo limitada, generalmente alrededor diez minutos. Cuando el Omnitrix está a punto de desactivarse, parpadea una luz verde y vuelve a ser Ben. Cuando finalmente se desactiva, se sigue mostrando color verde pero es inutilizable hasta que se recarga. El tiempo de la recarga nunca es constante; incluso dentro de un solo episodio, se puede extender por unos minutos a un cuarto de una hora. También, a veces, se ejecuta incorrectamente, transformando al usuario en un Alien que no se quería elegir (Lo que casi siempre le ocurre a Ben). Incluso ha rechazado activar en varias ocasiones, resistiendo realmente las tentativas de Ben de presionar la cara hacia abajo. Cuando está dañado o bajo influencia de un virus, el reloj puede funcionar incorrectamente, causando mutaciones extrañas en las diferentes formas Alienigenas. También las mutaciones o combinaciones de los Aliens puede deberse a que el Omnitrix perdió la corona y se puede descontrolar.

Existen varios métodos para superar los límites normales del Omnitrix; la mayor parte de ellos requieran un cierto conocimiento técnico del dispositivo.El Omnitrix actua como una cerradura de combinación para la capacidad máxima del Omnitrix. Cuando se introduce el código correcto (hay más de mil millones de combinaciones), el usuario puede permanecer en cualquier forma indefinidamente y cambiar entre diversas formas a voluntad.

Como se ha dicho varias veces el Omnitrix recolecta el ADN de Alienígenas para poder transformarse en ellos y debido a esto el Omnitrix puede recolectar cualquier tipo de ADN con el que entre en contacto, para esto solo es necesario arañar o morder el Omnitrix o simplemente añadirlo.

Se podría decir que el Omnitrix posee más ADN de Alienígenas en su interior y que tienen que ser descubiertos a través de claves, como ocurrió con Cannonbolt, Wildvine, Upchuck, Muy Grande y Multi Ojos.

En el ultimo Episodio de la segunda temporada de Ben 10 Fuerza Alienígena "Guerra de los Mundos 1 y 2" se descubre que el Omnitrix posee el ADN de cada raza existente en la galaxia con un total de 1.000.903, originalmente eran 1.000.900, los 3 Alienigenas adicionales son Benlobo, Benmomia y Benvicktor. Azmuth lo compara con el Arca de Noé, en el sentido de que puede restaurar cualquiera de las 1.000.903 especies en caso de que esten extintas.

Modo Captura: El Omnitrix es capaz de escanear y absorber ADN Alienígena aparte del que trae incluido para agregar nuevas transformaciones Alienígenas.

Purificación: Nueva función, descubierta en Ben 10 Fuerza Alienigena, para purificar a su primo Ken, el usuario coloca el Omnitrix sobre la víctima, el usuario tecnicamente "entra" a donde esta la infección, esto permite extraerla de forma cómoda y nada dolorosa.

Control Maestro: Una opción que permite transformarse aún ya transformado y sin límite de tiempo.

Cambio de Forma: El Omnitrix se transforma en otra versión (se recalibra) como se ve en el primer Episodio "Ben 10 Regresa Parte 1".

Modo Scaner: El Omnitrix puede rastrear forma de vida Alienígena y puede re-direccionar el escaneo aumentando el poder en una forma de onda expansiva que daña a una determinada especie, haciendo esto puede desbloquear ADN Alienigena, fue visto por primera vez en la Película "Ben 10 Invasión Alienígena".

Autodestrucción: Modo que permite destruir al usuario y al Omnitrix en caso de muerte o sacrificio inminente, fue usado en el Episodio "The Final Battle Parte 2".

Comando de Voz: El usuario puede dar órdenes al Omnitrix con solo mencinarlo, puede desde seleccionar un Alien hasta activar el tiempo de la Autodestrucción del Omnitrix.

Insignia Plomero: El Omnitrix puede ser considerado como insignia de Plomero y llevar un rango de autoridad interplanetaria, puede localizar otras insignias de Plomeros a travez de un mapa holográfico.

El Omnitrix es más una forma de vida que una máquina, pudiendo crecer como cualquier forma de vida que satisfaría su función, y teóricamente explicando por que suele hacer que el usuario tome una forma Alienígena diferente a la deseada (posiblemente por que hace tomar la forma del Alienígena que, piensa el Omnitrix, es más adecuado para la misión que el Alienígena deseado). Contiene el ADN del Alienígena, así como su propia fuente de energía para llevar a cabo sus transfomaciones. Lamentablemente si el usuario se transformó en un criatura con la capacidad de multiplicarse como Eco Eco, los clones deben estar juntos al momento de que se termine el ciclo y la luz se ponga roja o no se efectuará la destranformación y cuando vuelva el usuario a su forma original y lo vuelva a usar el tiempo de transformación será de menor tiempo dependiendo del tiempo en que el Omnitrix estuvo activo más de la cuenta.

El Omnitrix también tiene sus propias defensas contra enemigos, aunque tales están principalmente enfocadas en defensa de sí mismo y no de su antitrión. Si cualquier persona procura quitarlo por la fuerza, emitirá un pulso grande para rechazar al asaltante. Inversamente, los que saben utilizarlo pueden hacer esto con gran seguridad, sin importar si el usuario actual los desea o no.Protegerá a su anfitrión en cierta ocasión y puede recargarse inmediatamente si el usuario está en peligro.

Se ha demostrado que cada Alienigena tiende su propia personalidad, que se mezcla con Ben siempre que él se transforme en ella. Y se ha demostrado que los Alienigenas tienen una edad igual a la edad del usuario.

El tamaño del Omnitrix varia no por la serie o que haya sido modificado, el mismo Omnitrix cambia su forma sin tener que recurrir a algún extraño, esto se ve en Ben Fuerza Alienigena, Ben removio el Omnitrix para usarlo únicamente cuando lo necesitara, pero eso paso hasta 5 años después, Ben tuvo problemas para ponerse de nuevo el Omnitrix, y más para usarlo, pero cuando menos lo esperaba, el Omnitrix cambio su forma, más parecido a un reloj, y cuando selecciona algún Alien, aparece su forma en un holograma. Azmuth debió haber programado al Omnitrix así por razones desconocidas, ya sea por que el Omnitrix es un "simbiote" y puede que cambie con la edad del usuario, o por motivos de automantenimiento.