Esta película es la primera de Ben 10 y la única hecha en animación, ya que la segunda se hizo con actores reales. Fue escrita por Greg Klein, Thomas Pugsley y Scooter Tidwell y dirigida por Sebastian O. Montes III y se destaca por tener 3 versiones diferentes.
En Ben 10: Secret of the Omnitrix (traducido como Ben 10 y el Secreto del Omnitrix) Ben y Gwen descubren la historia del Omnitrix y su misterioso origen. En esta película Ben descubre a uno de los Aliens más poderosos del Omnitrix, al cual llama Muy Grande (Way Big). En una versión alterna de la película, Ben descubre a un nuevo Alien en el Omnitrix, al cual llama Multi Ojos (Eye Guy). Hay tres versiones de esta pelicula donde al principio cuando Ben pelea contra el doctor Animo, el aparece como Fuego, en en la segunda como Multi Ojos y en la tercera como XLR8.
En esta película Ben tiene que encontrar a Azmuth, el creador del Omnitrix, antes de que el Universo sea destruido por culpa del artefacto. Sin embargo, en su camino se encuentra a dos villanos, Vilgax y Sixsix, quienes intentarán quitárselo. Ahora Ben, Gwen y Tetrax deberán encontrar al creador del Omnitrix antes que se acabe el tiempo y el Omnitrix se destruya junto con Ben y el Universo.